Prva omemba cerkve v Novakih je že v zapisih vizatorja Jerneja de porcija leta 1570. Zapis kanonične vizacije iz leta 1752 omenja, da med podružnične cerkve v Cerknem spada tudi cerkev sv. Tomaža v Novakih, ki je posvečena. V njej so trije oltarji, prvi posvečen sv. Tomažu, drugi Blaženi Devici Mariji tretji pa sv. duhovniku Valentinu. Tlak v cerkvi je polon špranj, cerkev pa je zaradi vlage umazana, zanemarjena in mračna. Zraven je zakristija. V njej se hranita dva keliha z patenami v dobrem stanju. Ker je bila cerkev tako majhna, da ni mogla sprejeti vseh vseh vernikov z Novakov in Davče in ker je bila na tem, da se poruši, so verniki nameravali zgraditi novo cerkev. Zapis ob vizaciji leta 1755 omenja, da je je g. arhidiakon ogledal cerkev in ugotovil, da je prenevarna za bogoslužje, da se lahko poruši. Saj cerkev je stala na vlažnem terenu in ob deževjih je v zakristijo in cerkev v potokih tekla voda. Zato je na prošnjo občanov določil lokacijo za novo cerkev, ki bo služila bogoslužju vernikom iz Novakov in Davče, ker so od župnijske cerkve v Cerknem odaljeni več kot štiri ure. Od mladega dediča na Čendovš Jožefa Rojc, z privoljenjem negovega oskrbnika Valentina Peternelj po domače Graparja so odkupili na bolj prikladnem mestu zamljišče za novo cerkev. Določeno je bilo tudi, da se lahko za gradnjo nove cerkve uporabi kamenje iz prejšnje cerkve. Tako so leta 1758 začeli graditi današnjo cerkev sv. Tomaža. Gradnja je trajala štiri leta. Cerkev je dolga 21,58 m, široka 9,38 m, visoka 9,92 m (znotraj). Zvonik je zidan 24 m visoko, do vrha križa meri 38 m. Na oboku med ladjo in prezbiterjem je danes zapisana letnica 1762, taktat je bila cerkev sezidana in dokončana. 1. julija 1762 pa je bila proglašena za zakramentalno. Na plošči nad glavnim vhodom nad vhodom v cerkev je zapis: Consecrata fuit abllusti ac R.D.D. Josepha Waland eppo die 6. julij 1823. Takrat je bila cerkev posvečena. Na portalu glavnih vrat pa je napis "18 spoštuj cerkev 76". Leta 1769 je bil blagoslovljen prvi križev pot.1863 leta je bil prvič postavljen božji grob, delo Jakoba Razpet iz Cerknega. Stolpna ura v zvoniku je bila kupljena leta 1866. To uro so nato leta 1891 predelali. Med drugo svetovno vojno je zaradi Nemškega bombardiranja pogorel zvonik in bil tudi poškodovan obok ladje ter stene. Stolpna ura je bila hudo poškodovana in so jo leta 1950 popravili Kaže na sever in zahod. Bije na četrt ure in polne ure. Ko pa se je napravili električno zvonjenje, ta stoplna ura ni več v uporabi, vendar je če na svojem mestu. Kazalce poganjajo elektromotorčki iz kontrolne ure v zakristiji. Tudi bitje je sedaj urejeno z električnimi kladivi. Tudi orgle so bile poškodovane. Te so bile leta 1951 obnovljene. Piščali za 1. manual je prelil Franc Jenko iz Šentvida pri Ljubljani; igralnik z montažo pa Kucler iz Gorice . Prva kupola na zvoniku je bila postavljena spomladi leta 1888. Nato so leta 1922 naredili novo. Kupola (špica) na zvoniku je bila zgrajena leta 1888. Leta 1922 se je napravilo na zvoniku novo kupolo (špico) iz novih skodelj in se jo pobarvalo. Ta kupola je med bombardiranjem leta 1943 zgorela. Po vojni je bila postavljena ena mala piramida z križem. Šele leta 1959 se je zgradilo novo kupolo, ki je bila krita z pocinkano pločevino. Ta se je leta 1971 prebarvala, okrog leta 1990 pa je bila pocinkana pločevina zamenjana z bakreno. Glavni oltar je bil prvič prenovljen leta 1881. Obnovil pa ga je Anton Žonta iz Spodnje Idrije. Drugič se je glavni oltar obnavljal okroh leta 1888. 1897 sta bila napravljena kipa na glavnem oltarju: sv. Pavel in sv. Peter, delo Jožefa Šubica iz Gorenje vasi. Nato sta bila 1898 leta napravljena angela – kerubina za glavni oltar, delo Jožefa Šubica iz Gorenje vasi. Nato se je 1901 leta nabavil kip Lurške Matere Božje, ki je stal na stranskem Marijinem oltarju do leta 1964/65. Leta 1926 cerkev pridobi lesen kip srca Jezusovega, na podstvaku, visok 130 cm. Okrog leta 1964/65 je ob cerkvenem koncillu prišlo sprememmb v cerkvenem bogoslužju, kjer se je uvedlo oltarne mize v prezbiteriju, da je duhovnik med maševanjem obrnjen proti ljudstvu v cerkvi. Žal pa se je takrat precej kulturne dediščine uničilo. Odstranjena je bila lesena obhajilna miza z kamnitima stebroma v sredini, prebarvana v marmornatemu stilu. Odstranjena je bila prižnica z streho, ki je bila že v precej slabem stanju in se kasneje ni več obnovila. Pa tudi stranska oltarja sta bila prestavljena na stene nad spovednici. Na mestih kjer sta bila stranska oltarja sta bili na stenah pred prezbiterijem polici in na njej kipa srca Jezusovega in Marije Brezmadežne. Sedaj sta stranska oltarja zopet tam kjer sta bila prej. Kipa srca Jezusovega in Lurške Matere Božje pa sta postavljena med lesenim križem na steni nad levo spovednico. Novo zakristijo in kor se je pozidalo leta 1948. Klopi v cerkvi so bile napravljene v letih 1905/06 in so iz jesenovega lesa. 1960 leta se jih je prelakiralo. Leta 1953 so bile postavljene nove klopi na koru (na eni strani 5, na drugi 6 klopi po tri sedeže iz mehkega lesa.) Leta 1953 se napravi nov omet na zunanjosti cerkve. Med leti 1992 in 1993 je bil zunaj na cerkvi in zvoniku obnovljen omet in nanovo prebarvanno. Tudi streha je bila takrat prekrita. Po potresu v Posočju leta 1998 je cerkev dobila kar nekaj vidnih poškodb, tako, da je bila upravičena do popotresne obnove, ki jo je podprla tudi država. Tako se je leta 2001 začelo z obnovo cerkve. Leta 2002 so se ojačali zidovi cerkve in zvonika z železnimi vezmi in injeciranjem betona v zidove. Leta 2005 pa je bil obnovljen križev pot. Dela so se izvajala v notranjosti cerkve, da se poškodoval zunanji omet. Istočasno se je napravilo novo električno napeljavo, ter v notranjosti cerkve naredilo znotraj nov omet in notranjost prebarvalo. Tudi oltarje bi blo treba restavrirati, saj so bili obnovljeni leta 1888 in se jih kasneje ni obnavljalo. Ob praznovanju 250 letnice cerkve leta 2012, se je v prezbiteriju napravil novi tlak z ploščicami iz rjavega in belega marmorja. Postavilo se je tudi novo oltarno mizo in ambon iz marmorja. Leta 2015 se je krstni kamen, ki je bil nabavljen leta 1901 in je bil postavljen na levi strani ladje zadaj pod korom odstranilo, ga dalo obnoviti ter zbrusiti. Nato pa se ga je postavilo na levo stran ladje pred prezbiterijem, ob Marijnemu oltarju. Tako še naprej služi za krščevanje otrok, ki se sedaj vrši med mašnim obredom. Izdelalo se je tudi novo spovednico, ki je zaprtega tipa, tako, se lahko tudi ob prisotnosti vernikov v cerkvi vrši spovedovanje naglušnih grešnikov. Postavljena pa je mesto, kjer je bil prej krstni kamen. Postaje križevega pota, ki so bile pod korom, pa so postavljene na pročelje kora.
Cerkev sestavljalo glavna ladja z korom in prezbiterijem. Na desni strani prezbiterija je zakristija. V prezbiteriju je glavni oltar sv. Tomaža. Oltar je bil predelan 1889 (Jože Štravs iz Cerknega) Nad lino je napis: Sv. Tomaž, prosi za nas!, pod njim je lesen kip sv. Tomaža, apostola (3. 7.), na levi strani je sv. Petra, apostola (29. 6.), na desni sv. Pavla, apostola (29. 6.), oba iz leta 1897 (Jožef Šubic iz Gorenje vasi), na vrhu je kip kronanja Device Marije. V prezbiteriju sta še marmornata daritveni oltar in ambon (iz leta 2012 ob 250 letnici cerkve). Pred prezbiterijem na levi strani je postavljen krstni kamen. V glavni ladji pa je na levi strani stranski oltar, ki je posvečen Materi Božji (naredil Jože Štravs 1889 leta). V lini je slika Brezmadežne (8. 12.) (slika olje na platnu, podpis Raspet 1872). Pod sliko je napis na lesu: Kraljica brez madeža spočeta, prosi za nas! Levi kip predstavlja sv. Antona Padovanskega, redovnika (13. 6.); desni sv. Antona Puščavnika, opata (17. 1.); zgoraj je Sveta Družina, levo je kip sv. Ambroža, škofa in cerkvenega učitelja (7. 12.), desno sv. Urha, škofa (4. 7. ). Na desni strani je stranski oltar (prenovljen 1895), ki je posvečen sv. Florjanu, mučencu (4. 5), na levi strani je kip sv. Notburge, dobrotnice (13. 9.), na desni sv. Izidorja, kmeta (15. 5.); na vrhu Sveti trije kralji počastijo Jezusa. Na menzi levo je kip sv. Ignacija Lojolskega, duhovnika (31. 7.), na desni sv. Janeza Nepomuka, duhovnika-mučenca (16. 5.). Zraven imen so v oklepajih godovni datumi svetnikov. Na sredini ladje visi star stekleni lestenec, na levi in desni strani spovednici. Nad desno spovednico je slika sv. Tomaža, ki jo je 1882 leta narisal Anton Žonta iz Spodnje Idrije, bila je pomična slika na glavnem oltarju. Nad levo spovednico pa je lesen križ z vencem lučk, ki ga je izdelal Štefan Purgar. Na levi strani križa je kip brezmadežne device Marije, na desni strani pa kip srca Jezusovega. Pod korom na levi strani ladje je nova spovednica za prtega tipa. Kor pa krasijo mogočne dvomanualne orgle (Valiček & figlio, op. 36, Gorizia 1942). V zvoniku pa so štirje zvonovi in mali zvonček "navček".
1. zvon (1458 kg) - napis spodaj: Novaki - Ulil Samassa me v Ljubljani 1858, prelil me v Vidmu je De Poli 1947,
napis zgoraj: Slava Bogu na višavah * Vesel med tremi tovariši sem pel, osamljen v požaru vojnem z zvonika padel - onemel.
Moj Gospod in Bog * Sv. Tomaž, izprosi nam trdno vero.
2. zvon (980 kg): Sv. Jožef, prosi za nas. Ob zlati maši 1995 krajani in dobrotnik FRŽ (Ferralit Žalec) 1261
3. zvon (560 kg): Sv. Anton, dobrote patron - Novaki dar 1993 FLŽ 1145
4. zvon (390 kg): Kraljica miru - Novaki dar 1993 FRŽ 1144
nedelujoči navček 1930 livarna šetvid Lj. je težak okrog 157 kg.